לעיתים נולד בארגון הצורך בתוכנה שאיננה תוכנת-מדף (One Size Fits All), אלא מותאמת אישית לצרכיו המיוחדים של הארגון וכך, עולה הרעיון לפתח תוכנה מותאמת בתוך הארגון עצמו, מבלי להזדקק לעזרתם או סיועם של גורמים חיצוניים. אולם, למרות המידע החופשי העצום והאמצעים הטכנולוגיים הרבים (היוצרים רושם מוטעה), העומדים כיום לרשותם המשתמשים בדרגת “Power User”, פיתוח תוכנה בכלל ופיתוח מערכות מידע ארגוניות בפרט, הינן מלאכה מורכבת ומסובכת, שעלולה להותיר את הארגון עם השקעה של שעות עבודה רבות מצד אחד ומערכת מגמגמת שאיננה משרתת את המטרות שלשמן נבנתה, מצד שני.
ישנם מספר אתגרים ומכשולים נפוצים, אשר נוהגים לשוב ולצוץ, כמעט בכל פיתוח מערכת מידע ארגונית:
- ניגודים בין ציפיות מנהלתיות ומציאות קיימת
כאשר שיחות האפיון מתנהלות מול הדרגים הבכירים, לרוב, הגדרתם לתוצאה הסופית הכוללת שלהם הינה שונה, מאשר של הדרגים המשתמשים בפועל במערכת. לעיתים קרובות, לדרג המנהלתי אין ידע מספק על הצרכים ה"אמיתיים" של משתמשי הקצה (או על היכולות שלהם). כך, למשל, עלולה להיווצר מערכת מידע המספקת BI מושלם, אבל אף אחד ממשתמשי הקצה לא ירצה להזין בה את הנתונים, מכיוון שהממשק שלה הוא מסובך ואיננו אינטואיטיבי עבורו.
- חוסר תיעוד מספק
כאשר מוקם פרויקט של פיתוח מערכת מידע, שותפים לביצועו מספר אנשי מקצוע, כל אחד ותחום ההתמחות שלו. בלא תיעוד מספק (החל מהשלב הראשוני של הרעיון), עזיבה (מרצון, או ככורח) של אחד מהם, עלולה להותיר את הפרויקט ללא הידע הנחוץ להמשך ההקמה וההטמעה. תיעוד מרוכז, מסודר ומפורט יכול להקל את ההתמודדות עם הבעיה.
בנוסף, גם ללא עזיבה של אחד ממקימי ומבצעי הפרויקט, במידה ומתגלים ליקויים במערכת המידע בשלב ההרצה או ההטמעה, תיעוד מסודר מאפשר אבחון של הגורמים לליקוי.
- התנגשויות בתוכנות וחומרות קיימות
בכל מערכת ארגונית ישנן תוכנות וחומרות קיימות אשר יש לקבל אותן כתכתיב ולהתחשב בהן בזמן פיתוח מערכת המידע. אי הבאתן בחשבון (במקרה הטוב. התעלמות מהן – במקרה הגרוע) עלולה להפוך את המערכת לפיל לבן ארגוני. יתר על כן, צריך אף לקחת בחשבון שדרוגים עתידיים (במידה וצפויים כאלה בעתיד הנראה לעין), כדי למנוע מצבים של שדרוגי המערכת לעיתים קרובות מידי. למשל, בניית מערכת מידע מעולה, הקולטת מידע בקלט של מסמכי Word 2003 ומרכזת את המידע בתוך דאטה בייס, כאשר בשנה הקרובה, עתיד הארגון לשדרג את חבילת האופיס שלו לגרסה המתקדמת ביותר.
- הגורם האנושי
גם כאן, כבכל תחום ארגוני אחר, לגורם האנושי (משתמש הקצה) ישנו משקל רב ביותר. יש ללמוד את הרגלי משתמש הקצה וצרכיו בקפידה, על מנת ליצור מערכת יעילה ושימושית ככל האפשר. מובן צאליו כי בארגון גדול, בו קיימים עשרות משתמשי קצה אי אפשר להשביע את רצון כולם, אבל מומלץ להתאמץ ולהתאים את המערכת לממוצע הנדרש.
לסיכום, פיתוח מערכת מידע ארגוני איננו דבר של מה בכך. במידה וארגונך איננו מתמחה בבניית מערכות מסוג זה, מומלץ לפנות לחברה מקצועית ומנוסה ולהטיל עליה את המשימה.